Después de su elección, Eugenio envió delegados a Constantinopla, pero Constancio los hizo regresar a Roma exigiendo que el Papa manifestara públicamente estar de acuerdo con el patriarca de Bizancio, llamado Pedro (656-666).

Los delegados se dejaron engañar o fueron coptados y volvieron con una carta sinodal del patriarca Pedro, mientras que el enviado imperial que les acompañó llevó donaciones para San Pedro y una petición del emperador para que el papa entrara en la comunión del patriarca de Constantinopla.

Cuando el contenido se comunicó al clero y al pueblo en la iglesia de Santa María la Mayor, no solamente se opusieron a la carta, indignados, sino que no permitieron al papa abandonar la basílica hasta que prometió que no la aceptaría en ninguna circunstancia (656).

Eugenio, en su corto período, consagró a 21 obispos para diferentes partes del mundo. También prescribió que los sacerdotes tuviesen que guardar castidad perpetua. Probablemente fue Eugenio quien recibió a san Wilfrido cuando el futuro santo, aún muy joven, partió de Inglaterra para hacer su primera visita a Roma.